Barışçıl ve silahsız bir gezegen olan Naboo ayrılıkçı Ticaret federasyonu tarafından Cumhuriyet tarafından alınan vergileri protesto bahanesi ile kuşatılmıştır. Cumhuriyetin yüce başkanı Valarum taradından barış elçisi olarak ikiJedi konu ile ilgilenmeleri için görevlendirilirler. Qui-gon Jinn ve onun Padawanı Obi-wan Kenobi Ticaret Federasyonunun başkanı Nute Gunray ve yardımcısı Rune Haako'yu beklerken bir Sith lordu olan Darth Sidious tarafından aldıkları emirle Jediları öldürülmek istenir. Sonrasında Jedi'lar tarafından niyetleri anlaşılan Ticaret federasyonu, Naboo'nun galaksi ile iletişimini keserek işgale başlar. Ateş hattını terk eden iki Jedi kaçmayı sürdürür. Burada işgalden kaçarken Jar Jar Binks adında bir Gunganlı ile karşılaşırlar. Jar Jar Binks'e işgal konusunu anlattıklarında Jar Jar onları sular altındaki kovulduğu ülkesi Otoh Gungaya götürmeyi kabul eder. Fakat Jar Jar sakarlıkları yüzünden şehirden kovulmuştur. Şehre girdiklerinde hemen yakalanarak ülkenin başkanı Boss Nas önüne çıkarılırlar. Qui-gon burda Boss'a Naboo'da olanları anlatır fakat istediği yardımı alamaz. Jedi'ların zayıf zihinlere dilediklerini söyletme ve yaptırma yeteneğini kullanır ve şehirden çıkmak için bir taşıt verilmesini sağlar. Gunganların geleneklerine göre hayat borcu olduğu için Jar Jar da, onları Naboo'nun başkenti Theed'e giderken üzere rehber olmasını için Qui-gon'un yanına verilir.
Qui-gon Jinn ve Padawanı Obi-wan Kenobi Naboo kraliçesi Amidala'yı korumak için Naboo gezegeninin yüzyine çıkarlar. Kraliçe Amidala'ya ulaştıklarında federasyon tarafından ele geçirilmiştir. Qui-gon ve Obi-wan kraliçeyi ve yanındakileri kurtararak bir gemi ile Naboo'yu terk eder. Coruscant'a gitmek için gezegenden ayrılacakları sırada aldıkları hasar yüzünden zor durumda kalırlar ama bir astro droid olan R2-D2 tarafından hasarına rağman geminin enerjisi yeniden aktif hale getirilir. Yine de uzun süre havada kalmaları imkansızdır. Yakındaki Federasyon'un kontrolünün fazla hissedilmediği izbe gezegen Tatooine'e inerler.
Tatooine gezegeninde Qui-gon yanına R2-D2, Jar Jar Jar Binks ve kraliçenin isteği doğrultusunda nedimelerinden Padme'yi alarak geminin onarılması için gerekli parçalarını bulmak için şehirdeki bir hurdacı dükkânına giderler. Hurdacı Watto geçerli paraları olmamasından dolayı istedikleri parçaları onlara vermez. Bu arada Padme Watto'nun kölesi olan küçük bir çocukla, Anakin Skywalker, ile tanışır. Qui-gon Jinn, Obi-wan Kenobi'la takas için değerli birşeyleri olup olmadığı konusunda haberleşir. Sonuç olumsuzdur. Çünkü gezegeni ani biçimde terk etmişlerdir. Başka bir yol denemek zorundadırlar. Şimdilik gemiye dönme kararı verirler. Jar Jar Binks başını belaya sokar ama eve dönmekte olan Anakin olay büyümeden ortamı yatıştırır. Qui-gon Jinn O'na tesekkür eder. Anakin Qui-gon Jinn'in Işın Kılıcını fark eder. Bu sırada baş gösteren Kum fırtınası üzerine Anakin yeni dostlarını evine davet eder. Konuklar kendilerini Anakin'in annasi Shmi Skywalker'a tanıtırlar. Anakin Padme'ye hurdalardan yaptığı protokol droidi olan c3-p0'yu gösterir. Yemekte Anakin özgür olduğunu gördüğü rüyasından söz eder. Qui-gon Jinn ona göre kurtarıcı olmak üzere gelmiştir. Bunun üzerine Jedi Master çocuğa gerçeği anlatır ve gemi konusundaki problemden de söz eder. Anakin birkaç gün sonra yapılacak Pod yarışında gerekli parayı kazanabileceklerini söyler. Gezegende bunu yapabilen tek insandır. Qui-gon yarışlara katılabilmenin Jedi reflekslerine sahip olmayı gerektiğini söylediği genç Skywalker daki Güc'ün etkisini farketmiştir. Qui-gon, Watto ile Anakin'in pod yarışlarında yarışmasını eğer kazanırsa gerekli parçaları almak için bir anlaşma yapar. Bu antlaşmanın gizli bir maddesi de Anakinin özgürlüğüdür. Qui-gon Anakin'in kan örneğinden yaptığı testte kanında daha önce görülmemiş miktarda midi-kloryan olduğunu farkeder ve onun Jedi efsanelerindeki seçilmiş kişi olabileceğini hisseder.
Anakin, zorlu pod yarışı sonunda birinci olur ve özgürlüğünü kazanır. Qui-gon ile birlikte Corusacant'a gelecek ve orada Jedi olabilmek için eğitilecektir. Fakat bu çok sevdiği annesinden ayrılmasını gerektirecektir. Küçük çocuk için kolay bir seçim olmaz ama annesi O'nu cesaretlendirir. Son kez sarılarak oğluna veda eder.
Darth Sidious'un çırağı Darth Maul gemiye binecekleri sırada Qui-gon'un önüne çıkar ve onunla bir ışın kılıcı duellosu yaparlar. Bu sırada Obi-wan gemiyle hocasını da alarak uzaklaşır. Coruscant'ta onları Naboo Senatörü Palpatine ve yüce Başkan Valarum karşılar. Kraliçe Amidala, Palpatine'den Valarum'un Naboo'yu kurtarmak için güç kullanamayacak kadar aciz olduğunu öğrenir. Palpatin tarafından O'nun başkanlığının tekrar gözden geçirilmesi gerektiğine inandırılır. Senatodaki oturumda söz alan Kraliçe Amidala Gerçektende zor durumda olan Naboo için karar veremeyen Valarum'un başkanlığının fesh edilmesi ve yerine yeni bir Şansölye seçilmesini oylamaya sunar.
Bunlar olurken Jedi'lar Jedi tapınağında Anakin'i test etmektedirler. Anakin'in güç üzerindeki becerisi tartışılmazdır. Fakat Usta Yoda Anakin'in içindeki anne özlemini (bağlanmanın, kıskançlığı kıskançlığın öfkeyi öfke ise karanlık yola götürdüğü için) tehlikeli bulmaktadır. Qui-gon Anakin'in jedi olarak eğitilmesi konusunda ısrarcıdır. Yinede konsey isteğini reddeder. Bu sırada Jar Jar ile konuşurken Gunganların ordusu olduğunu öğrenen Kraliçe Amidala Senatonun bu konuda bir şey yapamayacağını anlayıp ülkesini korumaya karar verir. Jedi konseyi Kraliçe Amidala'yı korumak için Qui-gon ve Obi-wan'ı görevlendirirler.
Naboo'ya vardıklarında Jar Jar, Gun Ganlar'la konuşmaya gönderilir fakat Gun Ganlar şehirde değildirler. Bunun üzerine Jar Jar Kraliçeyi ve Jedi'ları Gunganların özel gizlenme yerlerine götürür. Burada Kraliçe Boss'u ikna etmeye çalışırken arkasında duran nedime Padme O'nun sözünü keser ve aslında kraliçenin kendisi, konuşanınsa sadık dublörü olduğunu açıklar ve içinde bulundukları zor durumda kendilerine yardım etmelerini ister. Yaptığı konuşma sonunda Gunganlar Naboo için savaşmaya ikna olmuştur. Savaşın başladığı sırada İki Jedi ve Amidala beraberindekilerle saraya doğru ilerlemeye başlar. Fakat burada karşılarına Darth Maul tekrar çıkar. Qui-gon ve Obi-wan Darth Maul'la duello etmek üzere geride kalırlar. Bu sırada gemide bıraktıkları Anakin gizlenmek için girdiği gemiyi çalıştırır ve yanında r2-d2 olduğu halde otomatik pilotta Droid kontrol gemisine doğru gitmeye başlar. Qui-gon Darth Maul'un çift taraflı ışın kılıcından aldığı darbe sonucu ölür. Düelloya Obi-wan devam eder ve çetin bir savaş sonunda Darth Maul'u öldürmeyi başarır.
Aynı sıralar Anakin, Yıldız Savaşçısı ile droid kontrol gemisinin içerisine girmiş ve yaptığı atışlar sonucunda Droid kontrol gemisini yok etmiştir. Droid kontrol gemisi patlayınca Naboo'da savaş halinde ve Gunganları kıstırmış durumda olan Droid ordusu devra dışı kalır. Böylece yenilgi halindeki Gunganlar savaşı kazanır. Naboo kurtulmuş olur. Ticaret federasyonunun başkanı ve yardımcısı tutuklanır. Bu sırada yapılan seçimle Palpatine Başkan olmuş ve Cumhuriyete için barış ve demokrasiyi koruyacağına söz vermiştir. Jedi konsetinin onayı ile Anakinin eğitimini Obi-wan Kenobi üstlenir ve onu padawanı olarak alır.
